W trosce o ekosystem oraz jakość wody, Zalew Nowohucki nie będzie na razie przekształcany w kąpielisko. Tego typu zmiana mogłaby naruszyć biologiczną równowagę, która została osiągnięta przez lata. Warto zauważyć, że jest to jedna z najpopularniejszych stref rekreacyjnych w Krakowie, dlatego ochrona jej zasobów jest kluczowa.
W Zalewie Nowohuckim badania mające na celu poprawę jakości wody są prowadzone dwa razy w roku, wiosną i jesienią. Z analizy danych z lat ubiegłych wynika, że działania rekultywacyjne doprowadziły do zwiększenia przezroczystości wody oraz istotnej redukcji mikroorganizmów mogących być przyczyną chorób.
Sztuczny zbiornik, jakim jest Zalew Nowohucki, zasilany jest wodami Młynówki, mającej swoje źródło na jazie w Bieńczycach.
